Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 1 Wakatobi merupakan salah satu lembaga pendidikan Islam tingkat menengah pertama yang berada di Kabupaten Wakatobi, Provinsi Sulawesi Tenggara. Madrasah ini pertama kali berdiri pada tahun 1978 sebagai madrasah swasta pertama di wilayah Wakatobi. Kehadirannya menjadi bagian penting dalam pengembangan pendidikan Islam dan pembinaan generasi muda di daerah tersebut.
Seiring meningkatnya kebutuhan masyarakat terhadap pendidikan berbasis keagamaan, pada tahun 1983 madrasah ini resmi dinegerikan dengan nama MTsN Wanci. Kepala madrasah pertama saat itu adalah Bapak Drs. La Uze. Status negeri tersebut menjadi langkah awal bagi perkembangan madrasah dalam meningkatkan kualitas pendidikan, sarana prasarana, serta pelayanan kepada masyarakat.
Kemudian, berdasarkan penyesuaian nomenklatur madrasah negeri di Indonesia, pada tanggal 3 Januari 2015 nama MTsN Wanci berubah menjadi MTsN 1 Wakatobi. Madrasah ini beralamat di Jalan Poros Wandoka No. 172, Kelurahan Wanci, Kecamatan Wangi-Wangi, Kabupaten Wakatobi.
Dalam perjalanannya, MTsN 1 Wakatobi terus berkembang sebagai madrasah yang mengintegrasikan pendidikan umum dan pendidikan Islam dengan dukungan teknologi informasi. Madrasah ini memiliki visi mewujudkan pendidikan berkualitas yang berciri khas Islam dan berbasis teknologi. Selain aktif dalam pembinaan akademik dan keagamaan, MTsN 1 Wakatobi juga terus meningkatkan fasilitas pendidikan serta berbagai program pengembangan peserta didik.
Saat ini, MTsN 1 Wakatobi telah terakreditasi A dan menjadi salah satu madrasah unggulan di Kabupaten Wakatobi yang berkomitmen mencetak generasi berilmu, berakhlak mulia, disiplin, serta mampu bersaing di era modern.
